本所的昆蟲標本蒐藏早自日據時代便已開始，其中不乏珍貴稀有的種類，例如：大樺斑蝶、大紫斑蝶等，現今已經滅絕的種類，這些標本已為 森林資源保育以及森林害蟲防治等工作奠定堅實的基礎。

目前本所館藏的昆蟲乾燥標本已超過十八萬二千份，以鱗翅目最多（接近十二萬份），其次為膜翅目（一萬五千餘份）、鞘翅目（一萬餘份）、半翅目各二千六百餘份、蜻蛉目與直翅目各一千多份、囓目一百多份、其它昆蟲五百多份；每年大約增加二千份標本，並已納入標本櫃／ 標本箱／標本盒之系統，所有標本之蟲籤規格化。