本館位於台北市三元街67號「森林保育大樓」四樓。整個樓層分為典藏空間、標本製作室以及標本研究室。典藏空間分為「浸液標本室」與「乾燥標本室」。乾燥標本室進而分為存放未完成鑑定之標本的「暫存標本室」與已鑑定之標本的「永久標本室」。標本製作室與標本研究室都有獨立的空間,與典藏空間分離。除非有人進入標本室,否則所有典藏空間都處於全暗環境。標本室擁有獨立的空調,24小時維持20 ± 2RH 55 ± 5% 的恆溫恆濕狀態,以抑制標本害蟲的發育,並防止標本發霉